La por dels bombardejos soferts per poblacions veïnes va provocar l’encàrrec municipal a la Col·lectiva de Paletes per construir el refugi.
Barcelona va patir uns bombardejos terribles els dies 16, 17, 18 de març de 1938. Aquest fets i les constants alarmes van ser els detonants que van portar la Junta Local de Defensa Passiva a reclamar la construcció del refugi. L’Ajuntament encarregà l’obra a la “Col·lectiva Paletes” (Col·lectivitat del Ram de l’Edificació. Paletes i Manobres) i va comptar amb la participació de veïnat mobilitzat per fortificacions.
La tècnica constructiva era idèntica a l’emprada en les mines d’aigua, ja que a Sant Just es comptava amb l’expertesa de diversos minaires. El 29 de juliol, la Col·lectiva reclamava 20.911 pessetes per finalitzar les obres que es creu que van quedar quasi acabades al mes de setembre, tot i que al gener de 1939 encara mancava realitzar la instal·lació del cablejat elèctric. El testimoni de Rafel Malaret, meritori de la Col·lectiva, recorda com es va realitzar la construcció.
Sant Just va patir quatre bombardejos, tant d’artilleria com d’aviació: el d’octubre de 1938, a la carretera, fou el que més danys provocà.
Tenim documentats un mínim de 3 bombardejos d’aviació: el 22/06/1938 a Can Biosca, el 08/10/1938 al sector de la carretera i el 25/01/1939 al cim de Sant Pere Màrtir. El 25 i 26/01/1939 l’artilleria d’ambdós bàndols disparà sobre la població i els afores una vintena de morterades i canonades. Es conserven encara restes materials dels projectils, notícies de premsa que parlen de l’aparició de bombes d’aviació a Sant Pere Màrtir, i testimonis orals de la caiguda de les granades d’artilleria. Només el bombardeig d’aviació de la nit del 8 al 9 d’octubre, a càrrec dels avions italians, va causar ferits a cal Manco i a cal Masclans. Un dels objectius de l’aviació podria ser el transformador de corrent del carrer Electricitat, les instal·lacions de la DECA i el reflector de Sant Pere Màrtir i els dipòsits de queviures i benzina ocupats per l’arma d’aviació a les Banyeres i a la Carretera.
El darrer ús com a defensiu que es va fer del refugi fou provocat per l’entrada de l’exèrcit franquista la tarda del dia 25 de gener de 1939.
Les actuacions de preservació de la memòria han permès conservar els testimonis d’aquells veïns i veïnes que des de la nit del 24 al 25, a partir de l’explosió del pont de Sant Boi, ja es van anar a resguardar al refugi de les Escoles i als altres refugis particulars del poble. El bombardeig d’artilleria, que precedí l’avanç de les tropes d’infanteria revoltades i en concret de la 13 División del Cuerpo de Ejercito Marroquí, i un ban de l’Ajuntament va provocar que el matí del 25 de gener del 39 més gent s’acostés al refugi. Rafael Malaret, Lluïsa Vidal, Rosa Piquet o Teresa Ibañez, per dir només quatre noms d’una llarga llista, recordaven, ja d’adults, aquell dia: el refugi, la gent, l’arribada dels soldats, els cigrons i les galetes. Aquella tarda eren nens quan per ells, igual que per a tots els veïns i veïnes de Just Desvern, la guerra es va acabar.
Les condicions climatològiques van permetre utilitzar el refugi com a espai dedicat al cultiu dels xampinyons durant els anys de la immediata postguerra.
La postguerra va portar la fam però també l’agudització de l’enginy. El barceloní Salvador Buyé Nicolau, establert a Sant Just, va iniciar l’any 1943 el cultiu de xampinyons al refugi i a altres indrets del poble com a Can Mèlich. Les condicions de temperatura i humitat a sota terra eren més que adequades. Per facilitar l’explotació i l’entrada de terres per a la cria dels bolets es va construir el pou de boca quadrada situat al pati de l’escola. El cultiu de bolets va conviure sense problemes amb l’escola Montserrat, però les fortes pluges de setembre de 1948 van generar conflictes i queixes dels docents davant de l’Ajuntament que creiem que van acabar provocant-ne la clausura. Per imatges que tenim sabem que fins al 1954 es va mantenir l’entrada i la volta situada entre l’escola i la paret de l’Ateneu.
De nou, com a 1938, l’impuls de veïnat del poble conjuntament amb l’Ajuntament permeten la recuperació del refugi, aquesta vegada com a espai pedagògic i de memòria.
L’interès pel refugi va rebrotar amb l’inici del segle XXI quan veïnat del poble, membres d’entitats com el Centre d’Estudis i el Grup Espeleològic Rat Penats, van mostrar interès en aprofundir en el seu coneixement. A la passejada intergeneracional pels espais del bombardeig, feta el maig de 2008, diversos testimonis directes van explicar on era el refugi. Al 2009, el trasllat de l’Escola Montserrat i l’inici d’un procés de reordenació urbanística de l’espai van permetre avançar amb la recuperació. El 4 d’agost de 2009 la feina conjunta entre el veïnat i Ajuntament va donar fruits
i es va descobrir la boca d’entrada situada a l’antiga escola Montserrat i tornar a caminar per la galeria del refugi. L’Ajuntament va promoure el 2014 la Xarxa Memòria de las Ciudades dins de la Red Estatal de Ciudades Educadoras, on van formular-se propostes per a la restauració i nou funcionament d’aquest espai de memòria. Aquí es van donar a conèixer iniciatives encaminades a la restauració i recuperació d’espais de memòria: Màlaga, Granollers, Barcelona… Fruit d’aquests coneixements, de la consulta i de la tasca tècnica al 2018 s’inicia la consolidació de l’interior i la museïtzació de l’espai.